Посмотрите состояния входов не через USB, а прямо в модуле 2С42М. Вход в режим - из режима пультового терминала, кнопка "Ввод" (4-я режимная) - "диагностика" - "диагностика SB-069M".
Кабель для подключения вы делали сами?
Посмотрите в программе на закладке "Периферийная шина". Если вы проводите испытания на столе, при правильно собранном кабеле в колонках "таймауты" и "ошибки" должны быть нули. 
Укажите номера модулей SB-069M, 2С42М и версии програмного обеспечения.