Здравтвуйте, Александр!
В версии 2.0.52 была ошибка. На сайт выложена более новая версия (Конфигуратор модуля... v1.131, прошивка модуля 2С42М v2.0.54). В этой версии исправлена ошибка, приводящая к затруднениям работы модуля 2С42М исполнения 1. В том числе эта ошибка может приводить к тому, что модуль не видит штатный пульт. Обновитесь пожалуйста.
Но с прошивкой 2.0.42 матобеспечение станка должно было работать. Возможно не проходят прерывания от пульта. Платы в нижнем ряду нужно расположить так, что бы между ними и модулем 2С42М не было свободных платомест