Математика на старте проверяет свою контрольную сумму . Если математика стартует без ошибок КС - с ней все в порядке. 
 Если не видит сигналы с плат входов - проверяйте блоки питания, платы SB-069,.
 Если часть сигналов видит, а часть нет - возможны проблемы с генмонтажной платой.
 Платы выходов (sb-475) исправны?
 Методика поиска неисправностей  такая же, как и при ремонте родных плат.
 Сделайте тест ОЗУ и тест ПЗУ (разделы 4.8.1 и 4.8.2 Руководства).   
 Сделайте сброс ОЗУ и заново наберите параметеры. 
 Самый правильный вариант ремонта - провести модернизацию всех плат верхнего ряда, этим исключается влияние генмотажной корзины. http://elmic.ru/?q=node/1066