Поможет не форматирование СМП, а считывание и последующая запись на компьютере. В процессе считывания/записи происходит дефрагментация программ и высвобождается свободное место. В Вашем случае лучше иметь 2 СМП - один для уже отлаженых программ , а второй для отладки (чтобы его можно было периодически полностью очищать или удалять последние программы).